1. Đội Hạng Nhất năm 2015 xuống thi đấu ở Hạng Nhì Quốc gia 2016 đó là Công an Nhân dân và 4 Đội Hạng Ba năm 2015 được lên hạng đó là: Hà Nội T&T B, Viettel B, An Giang, Quỹ Đầu tư phát triển tài năng bóng đá Việt Nam (PVF).

2. Các Đội bóng thi đấu theo thể thức vòng tròn hai lượt đi và về (sân nhà và sân đối phương) để tính điểm, xếp hạng ở mỗi bảng; chọn 1 Đội xếp thứ nhất mỗi bảng vào thi đấu Trận chung kết còn đội có điểm, chỉ số phụ thấp nhất trong hai bảng sẽ phải xuống hạng.

3. Hai đội xếp thứ Nhất ở hai bảng A và B sẽ gặp nhau ở trận Chung kết thi đấu theo thể thức trực tiếp một trận, nếu sau thời gian thi đấu chính thức (90 Phút) tỷ số hòa, hai Đội sẽ thi đá luân lưu 11m để xác định đội thắng (không thi đấu thêm trận đấu phụ). Đội thắng trận Chung kết sẽ được quyền tham dự giải Hạng Nhất Quốc gia năm 2017, đội thua xếp hạng Nhì giải Hạng Nhì Quốc gia 2016. Trong 2 đội đứng cuối bảng, đội có chỉ số phụ thấp hơn sẽ phải xuống hạng.